La composition de la CTPENAF est fixée par le décret 2016-161 du 17 février 2016, modifié par le décret 2017-1822 du 28 décembre 2017 portant adaptation du code rural et de la pêche maritime et du code forestier à la création de la collectivité de Corse.
Ses membres sont désignés par l’arrêté préfectoral R20-2020-12-24.001 du 24 décembre 2020 modifiant l’arrêté préfectoral R20-2018-06-01.001 du 1er juin 2018 fixant la composition de la commission territoriale de la préservation des espaces naturels, agricoles et forestiers de Corse.